Proteinets funksjon er først og fremst strukturelt. Det vil si at det benyttes som byggesteiner. De fleste er klar over at proteiner brukes til å bygge muskler, men det er ikke alt. Både hjerte- og glatte muskler er bygget av proteiner. Hud og hår inneholder også mye proteiner.
I tillegg er mange av kroppens hormoner laget av proteiner. Dette inkluderer insulin,glukagon hGH og IGF. Disse er veldig forenklertbare en lang kjede amniosyrer som er koblet sammen.
Katekolaminer, adrenalin og noradrenalin, er dannet av aminosyren tyrosin. Albumin, som brukes til å transportere mange hormoner i blodet er også laget av proteiner.
Proteiner er ikke bare viktig av strukturelle årsaker. I noen tilfeller kan protein også benyttes som energi. For eksempel så blir en stor del av protein i kosten omdannet i leveren til noen man kaller keto-syre. Denne kan igjen benyttes til å danne glukose, ketoner eller tilogmed kolesterol.
Keto-syre kan også benyttes til å danne ikke-essensielle aminosyrer. Hva som blir dannet i leveren avhenger veldig av den metabolske tilstanden i kroppen.
I tilfeller ved lav-karbo og/eller lav-energi dietter vil kroppen tendere å produsere glukose eller ketoner. Motsatt, ved kalorioverskudd, kan kroppen produsere kolesterol eller fett.
Proteiner i kosten har mange flere bruksområder. Bioaktive peptider kan øke tarmfunksjonen, påvirke bindingen av mineraler, øke immunsystemet, ha antibakterielle egenskaper og modifisere blodtrykk. I tillegg har kasein blitt påvist å kunne medføre opioide og immunmodulerende egenskaper.
For idrettsmenn er det mange andre effekter av proteiner også. Dette inkluderer reparasjon og nydanning av vev som muskler, ben, sener og annet, opprettholde muskelmasse og understøtte immunfunksjonen.
Grunnet proteinets enorme bruksmuligheter er det vanskelig å korrekt estimere proteinbehovet hos ulike individer.